Crossbone Gundam Unit II, emanet edildiği usta Crossbone Vanguard pilotu Zabine'in ihaneti sonrası kaçırılmış ve zorlu bir savaş sonrası Kincaudo Nau tarafından imha edilmiş, Crossbone Gundam Unit III ise İmparator Clux Dogatie'nin Mobile Armor'u Diviniad'ı durdurmak için kendini feda etmesi sonrası ağır hasar görmüştür. Şimdi kullanılabilir durumda sadece Crossbone Gundam Unit I vardır ve Kincaido'nun savaştan ayrılması ile birlikte Jupiter Empire'dan geriye kalanları durdurabilmek için bu görev Tobia Arronax'a düşmektedir.
Tobia ve diğerleri, bir görüşme için -artık eski- İmparator Clux Dogatie'nin ikinci eşi Europa'ya giderler fakat burada öğrenecekleri şey Jupiter Empire'ın halen durdurulamamış olduğudur. O zamana kadar görülmemiş Işın Kanatları sistemine sahip bir MS olan F99 Recordbreaker Gundam adlı yeni bir Gundam ve Crossbone Gundam Unit I'in modifiye versiyonu "Skull Heart Kai" ile savaş yeniden başlayacaktır.
