Ronah hanedanı liderlerinin tüm koloni sistemi ve Dünya'ya boyun eğdirmeye amaçlayan "Cosmo Babylonia" planının Kincaudo Nau ve Berah Ronah tarafından durdurulmasının üzerinden 10 yıl geçmişti. Bu süre içinde "yeni" Crossbone Vanguard'ın başına geçen Kincaudo ve Berah, Frontier kuşağının ötesinden gelen ve sıradışı teknolojiler kullanan büyük bir istilanın geldiğini haber alır: Bu tehlike esrarengiz JUPITER EMPIRE'dir.
Bir sivil yolcu filosuyla Jupiter kolonileri kuşağına gitmekte olan transfer öğrenci Tobia Arronax, filonun bir uzay korsanı grubu tarafından durdurulmasına tanık olur: Bu sırada Crossbone Vanguard'a komuta eden Kincaudo Nau, Tobia'daki yüksek Newtype potansiyelini keşfeder ve onu Jupiter ordusuna karşı verilecek savaşa katılmaya ikna eder. Tobia şimdi mensupları içinde eski öğretmeninin ve arkadaşlarının da içinde bulunduğu Jupiter ordusuna, İmparator Clux Dougachi'nın çılgın ve durdurulamaz gözüken planlarına karşı durmak zorundadır.
Crossbone Vanguard'ın bu yoldaki tek kozuysa 10 yıl öncesinin Gundam F91'nin enerji bariyerleri ve modifiye edilmiş silahlarla donatılarak geliştirilmiş hali olan 3 adet Crossbone Gundam'dır.
Notlar:
Kidou Senshi Gundam F91 filminin finali itibariyle hala hayatta olan karakterlerinin bazıları burada da yeralmaktadırlar.
Bu Manga aynı zamanda serinin son parçası olan Kidou Senshi Victory Gundam'a kadarki dönemde geçen diğer Crossbone Gundam Manga'larının da başlangıcıdır.
