1853'te Britannia'nın Siyah Gemileri Uraga rıhtımında belirir. Bu olaydan birkaç yıl sonra Lelouch Lamperouge, Rei (Zero) adlı gizemli biri tarafından yönetilen Black Revolutionaries isimli isyan gurubuna karşı Shogunate'in emirleriyle kurulan Shinsengumi adlı özel bir birliğin komutanı olur. Gerçekte ise bu iki organizasyon birbirinin aynısıdır ve Britanni'ya karşı savaşmayı amaçlamaktadırlar. Geass ise Knightmare denen zırhlı varlıkları çağırmaya yarayan bir gücün adıdır.
Notlar:
Daha farklı karkaterlerin de hikâyeye dahil olduğu alternatif bir Code Geass evreninde geçmektedir.
Seride geçen özel isimler tarihteki kişi, yer ve olaylardan esinlenilmiştir: Bkz. Black Ships, Shinsengumi, Shishi(Black Revolutionaries), Shogunate.