2010 yılında Kutsal Britannia İmparatorluğu, ilk kez bir savaşta kullanılan yeni Knightmare Frames ile 1 ay süren işgalin ardından Japonya'yı ele geçirir. Adını, bayrağını ve haklarını kaybeden ülkenin adı "Area 11", insanları ise "Elevens" olarak anılmaya başlanır.
Bu olaylar sırasında Japonya'da sürgünde olan Britannia genci Lelouch Lamperouge ve arkadaşı Kururugi Suzaku'nun yolları işgalin ardından mecburen ayrılır fakat Lelouch, Suzaku'ya Brittania'yı yok edeceğine dair yemin eder.
Aradan yedi yıl geçmiştir. Suzaku, Briattania ordusunda katılmıştır ve yeni görevi, onu eski dostu Lelouch ile karşılaştırır. Ancak Lelouch'u terörist zanneden üsleri Suzaku'dan arkdaşını vurmasını isterler ve bunu reddedince Suzaku'yu vururlar.
Suzaku gözlerini hastanede açtığında, Teknoloji Departmanı'ndan Llyod adlı bir araştırmacı ona Dünya'yı değiştirecek bir güç isteyip istemediğini sorar. Ancak çok geçmeden Suzaku tutuklanır ve yargılanmak üzere hapse atılır çünkü Prens Clovis'in ölümünden sorumlu tutulmaktadır. Bu sırada Zero adlı maskeli biri ortaya çıkarak O'nu kurtarır.
Notlar:
Code Geass mangalarındaki olaylar ve karakterler, animedekinden farklılıklar gösterirler. Örneğin Kururugi Suzaku'nun ana karakter olduğu bu manga, Knightmare Frame'lerin olmadığı alternatif bir evrende geçmektedir.
Code Geass'ın manga serilerinin her biri farklı mangakalar tarafından kaleme alınmıştır. Bu versiyonun mangakası Atsuro Yomino'dur.
