Aç gözlü Pokémon avcısından kaçan Celebi, son gücünü günümüze gelebilmek için yapması gereken zaman yolculuğunda kullanmak zorunda kalır. Kaçarken yanına korumaya çalıştığı Sammy'i alır. Ancak Ash, Pikachu ekibin geri kalanları ve Sammy ile Celebi geride bıraktıkları avcıdan çok daha büyük bir tehlike ile karşı karşıyadırlar. Bu yeni düşman "Kara Top" adlı bir Pokéball'a sahiptir ve bu top, Pokémon'u esir alıp kötülük saçan bir yaratığa dönüştürebilmektedir. Celebi'nin yakalanması ile tüm ormanın geleceği tehlikeye girer. Artık günü kurtarma işi, Ash, Suicune ve diğerlerine düşmektedir.
