Dünya Birliği'nin tarafsız olarak bilinen Heliopolis Kolonisinde, gizli bir araştırma merkezinde silah üretimi yapılmaktadır. Coordinators dan oluşan bir kaç Zaft üyesi, bu merkezi basarak prototip halindeki 5 Gundam den 4'nü çalarlar. Bu çatışma arasında kalan Kira Yamato, geri kalan prototip Gundam'i kullanıp insanları korumak zorunda kalır. Çatışma esnasında en iyi arkadaşı Athrun Zala'nın prototipleri çalan grupta olduğunu görmesi ilerde onu bir seçim yapmaya itecek ve Dünya Birliği tarafında savaşmaya başlayacaktır.
Phase-01 A False Peace
Phase-02 The Name is Gundam
Phase-03 The Collapsed Homeland
Phase-04 Silent Run
Phase-05 Phase Shift Down
Phase-06 Disappearing Gundam
Phase-07 The Scars of Space
Phase-08 The Songstress of the Enemy Forces
Phase-09 The Dimming Light
Phase-10 Separate Ways
Phase-11 The Awakening Sword
Phase-12 Flay`s Decision
Phase-13 Stars Falling in Space
Phase-14 Within Endless Time
Phase-15 The Respective Solitude
Phase-16 The Flaming Sand-Dust
Phase-17 Cagalli Again
Phase-18 Payback
Phase-19 Fangs of the Enemy
Phase-20 In the Days of Tranquility
Phase-21 The End of the Sand-Dust
Phase-22 The Sea Dyed Crimson
Phase-23 A Fateful Meeting
Phase-24 A Two-Man War
Phase-25 A Peaceful Nation
Phase-26 Moment
Phase-27 Endless Rondeau
Phase-28 Kira
Phase-29 Wedge of Faith
Phase-30 A Flash of a Moment
Phase-31 A Sky of Lamentation
Phase-32 On the Ground of Promise
Phase-33 The Quickening of the Darkness
Phase-34 The Place of Attention
Phase-35 Sword that Descends from the Skies
Phase-36 In the Name of Justice
Phase-37 The Wrath of God
Phase-38 Gunfire of Resolution
Phase-39 Athrun
Phase-40 Towards the Dawning Space
Phase-41 The Shaking World
Phase-42 Lacus Sorties
Phase-43 The One Who Blocks the Way
Phase-44 Whirlwind of Encounters
Phase-45 The Opening Door
Phase-46 Where the Soul Belongs
Phase-47 Repeated Nightmare
Phase-48 Day of Fury
Phase-49 The Final Light
Phase-50 Towards an Endless Tomorrow
