Sailor Moon R sezonu ikiye ayrılır. (R, Romance anlamındadır.)
47. ve 59. bölümleri arasında Ail ve Ann adlı iki uzaylıya karşı yapılan savaş anlatılmaktadır. Bu bölüm mangada mevcut değildir. Ail ve Ann, dünyaya gelerek Makaiju adlı onlara enerji veren ağaca benzer bir yaratığı hayatta tutmak ve güçlendirmek için insanların enerjilerini gönderdikleri canavarlarla çekerler. Sailor Moon ve arkadaşları bu yeni tehdidin kaynağını bulmaya ve onu durdurmaya çalışırlar.
60. ve 89. bölümleri arasında 1000 yıl sonra kurulacak olan Kristal Tokyo ve Sailor Moon'un gelecekteki kızı olan Chibi-usa tanıtılmakta, Kristal Tokyo'yu ve bugünkü dünyayı Karanlık Ay Nemesis'ten gelen düşmanlara karşı korumak için yapılan savaş işlenmektedir. Bu sezonda yeni bir senshi, Sailor Pluto, ortaya çıkar.