Shinra şirketi ve askerleri, baygın olan Cloud ile birlikte Midgar’a kaçmaya çalışan Zack'in peşindedir. Sahne, 5 yıl önce Sephiroth’un çıldırarak Nibelheim köyü ve insanlarını katlettiği zamana geri döner. Babası da kurbanlar arasında olan Tifa intikam almak için, köyün reaktörüne giden Sephiroth’un peşine düşer. Aynı anda köyde, Tifa’nın Sephiroth’un peşinden gittiğini öğrenen Zack de reaktöre doğru yola çıkmıştır.
