1850 yılında Lord Nobunaga, Japonya’nın dört bir yanına önüne gelen her şeyi katleden karanlık ordular yollamıştır. Efsaneye göre Nobunaga’yı durdurabilecek 3 mistik silahın her biri 3 ayrı "Gölge Ninja" ailesine emanet edilmiştir. Bu silahlar ancak bir araya geldiği vakit kötülüğü yenebilecek kudrete erişecektir.
Kasumi Ninja Klanı’ndan tek kurtulan Ayame'dir. Yok olan klanının nesillerdir koruduğu büyülü, kısa bir kılıç olan ve efsanede adı geçen silahlardan birini taşımaktadır. Ayame, Lord Nobunaga tarafından katledilen klanının intikamını almak istemektedir ama bunu başarmak için diğer 2 ninja klanını da bulmak zorundadır.
