Natsumi,tatilde, Meru ve Maru adında iki uzaylı tarafından ziyaret edilir. Derin Denizin Prensesi olduktan sonra Natsumi, travmatik geçmişi ile uğraşan Meru'ya bir takım duygular beslemeye başlar. Keroro ve takımı ise; sakin bir tatil düşlermektedir. Ancak tatilleri kısa kesilir ve uzaylıların savaşına döner. Keroro ve kahramanlarımız, yaz tatillerine devam etmek için Natsumi'ye yapılan suikasti durdurmak zorundadırlar.
